Pierwszy numer „Martyrii” ukazał się na Wielkanoc 1990 r. Pismo zostało wydane jako biuletyn parafii św. Wojciecha w Ełku. Liczyło osiem stron w małym formacie. Od 1991 r. wydawcą jest Wikariat Biskupi w Ełku. „Martyria” zyskuje podtytuł: „Ducha nie gaście!”. Również ma osiem stron, ale o większym formacie. Z czasem objętość zwiększa się: do dziesięciu stron, do dwunastu… Pojawia się kolor.
25 marca 1992 r. powstaje Diecezja Ełcka. Z tej okazji w kwietniu tegoż roku ukazuje się wydanie specjalne miesięcznika, w którego winiecie pojawia się nazwa nowej diecezji. „Martyria” staje się pismem diecezjalnym, co bardziej uwyraźniono w kolejnym majowym numerze, gdzie też podano wydawcę: Ełcką Kurię Biskupią. Redaktorem naczelnym jest ks. Roman Szewczyk. Od września 1992 r. następuje zmiana redaktora naczelnego i funkcję tę zaczyna pełnić ks. Marian Szczęsny. Pismo systematycznie zwiększa objętość oraz zakres tematyczny, najpierw do szesnastu stron – potem dwudziestu, a od marca 1998 r. liczy 24 strony.
Od listopada 1998 r. redaktorem naczelnym „Martyrii” jest ks. Jerzy Sikora. Z okazji wizyty Ojca Świętego Jana Pawła II w Diecezji Ełckiej, w czerwcu 1999 r. ukazuje się numer okolicznościowy – „papieski” diecezjalnego miesięcznika, cały na papierze kredowym i w kolorze. Od 2004 roku organizowany jest Poetycki Konkurs „Martyrii”.
Od maja 2016 r. redaktorem naczelnym zostaje ks. Krzysztof Zubrzycki. Czasopismo zostaje całkowicie przeobrażone. Powstają nowe działy tematyczne, przybywa stron do 44-48, powstaje nowa szata graficzna.
„Martyria” ma charakter pisma regionalnego. Tym swoistym regionem jest nasza Diecezja Ełcka. Dominuje tematyka religijna, a oprócz niej społeczno-kulturalna. „Martyria” przez 26 lat wydawania już dobrze zadomowiła się w społeczności lokalnej. Ma swoich stałych, wiernych czytelników i nabywa nowych.